การอนุญาตให้นักเรียนทุนฯ ทำประกันสุขภาพกับสถานศึกษา ก่อให้เกิดความไม่เท่าเทียมกันทางด้านสิทธิประโยชน์/การคุ้มครอง และการจ่ายค่าเบี้ยประกัน เพราะประกันสุขภาพและอัตราค่าเบี้ยประกันของแต่ละสถานศึกษาไม่เท่ากัน นอกจากนี้แผนประกันฯ ของบางสถานศึกษายังมี Deductible หรือ Copay ราคาสูง ซึ่งนักเรียนทุนฯจะต้องรับผิดชอบจ่ายเองด้วยอีกทั้งมีสถานศึกษาหลายแห่งที่ไม่ครอบคลุมประกันในภาคฤดูร้อน หากนักเรียนไม่ลงทะเบียนในภาคฤดูร้อน เป็นต้น สนร. จึงจัดทำประกันสุขภาพกลางขึ้นโดยมุ่งหวังที่จะลดปัญหาดังกล่าว เพื่อให้นักเรียนทุนฯ ได้รับสิทธิประโยชน์และการคุ้มครองที่เท่าเทียมกัน
นอกจากนี้การจัดทำประกันสุขภาพกลางไม่ได้จำกัดการให้บริการเพียงแค่นักเรียนทุนรัฐบาลเท่านั้น สำหรับนักเรียนทุนพิเศษหรือข้าราชการลาศึกษาที่อยู่ภายในความดูแลของสำนักงาน ก.พ. หรือนักเรียนทุนฯ ที่ใช้เวลาศึกษาเกินกว่าระยะเวลาที่ทุนกำหนดไว้ และกำลังศึกษาด้วยทุนส่วนตัวที่สนใจก็สามารถขอทำประกันสุขภาพกลาง ผ่าน สนร. ได้เช่นกันโดยให้แจ้งความประสงค์ที่หน่วยนักเรียนที่ดูแลท่านอยู่